王某在签名处所写的明显不是自己的姓名，故协议未成立，不产生法律效力。

第二种意见认为：

王某在签名处写的草书虽无法辨认内容，但既然王某在协议上摁了手印，应认定王某认可上面的内容，因此具有法律效力。

仲裁委采纳了第二种意见。理由如下：

第一，王某违反了诚实信用原则。双方签订协议，应遵循诚实信用原则。王某如不同意协议中的内容，完全可以拒绝签订。

但王某签订协议，收到补偿后又反悔，其行为违反了诚实信用原则。如果王某因不诚信行为，仍可寻求补偿金以外的利益，那么有失公平。

第二，王某在协议上摁手印，与签字有同等效力。最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第五条规定：“当事人采用合同书形式订立合同的，应当签字或者盖章。当事人在合同书上摁手印的，人民法院应当认定其具有与签字或者盖章同等的法律效力。”
该解释是针对民事合同作出的，但劳动合同也属于合同，其具有民事合同的一般特征，可以适用上述司法解释。

第三，即使王某没有摁手印，双方签订的协议也已生效。

《劳动合同法》第十六条规定，劳动合同经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。

以常理来看，协议乙方处应该签姓名，王某主张签的是“此合同无效”，在城建公司不予认可的情况下，应当提供证据证明。

王某在签订时未提出关于合同无效的主张，要承担不利的后果。

王某收到36万元补偿金而未做出退还的意思表示，双方的协议实际已经履行生效。

第四，协议中不存在法定无效的内容。

《劳动合同法》第二十六条规定，以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；违反法律、行政法规强制性规定的，劳动合同无效或者部分无效。

最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》第十条规定，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。

本案中，双方签订的协议不存在上述规定的无效情形。

综上所述，双方签订的协议合法有效。

协议中约定了补偿金是一揽子综合补偿，且公司已经按协议约定履行了支付义务，王某再主张加班费及未休年休假工资报酬等，违反了诚信原则，其仲裁请求不应得到支持。